El origen de la destilería es informal como deja claro su nombre, "Colina del arbusto de enebro", ya que esta madera no emite humo en su quema,y ha sido una de las favoritas de los destiladores ilícitos que debían mantener su práctica en secreto.[break]
Hasta 1897 la destilería no se formalizó y comenzó a operar legalmente. Lo normal era la destilación ilegal desde el año 1700. Tuvieron que pasar dos siglos para que la destilación de whisky se formalizara en esta zona abrupta y fuera de la ley que eran las Tierras Altas de Escocia.
En ese año de finales del siglo XIX, John MacDougall, John MacLeish y Alexander Allan, junto con un puñado de inversores, decidieron abrir una destilería formal y formar The Tomatin Spey District Distillery Ltd.
Y lo hicieron en el borde este de las montañas Monadhliath, en las Highland, a más de 300 metros de altitud sobre el nivel del mar, ya que hasta allí llegaba la vía férrea, imprescindible para trasladar el whisky por las principales ciudades escocesas y del Reino Unido, y se daba el Alt na Frith ( "quema libre"), que proporcionaba una fuente perfecta de agua blanda de las Tierras Altas.
El 80% de los trabajadores de la destilería viven en las casas adyacentes a la misma, en concreto 30 viviendas.
En 1974 Tomatin se convirtió en la destilería más grande de Escocia. En ese momento fue considerado uno de los productores más importantes del mercado y uno de los pocos destiladores en ofrecer su marca como single malt, inicialmente de 5 años y luego también de 10.
La gran mayoría del whisky elaborado en Tomatin se vendía a granel a empresas de terceros y se utilizaba en muchos whiskies de mezcla famosos como J&B, Chivas Regal y Johnnie Walker. En la década de 1980 decayó el consumo de whisky y la marca desapareció.
En 1986 reapareció con apoyo financiero japonés y hoy en día es una de las marcas de whisky de calidad Single Malt más apreciada por los grandes expertos.